百度、阿里云免费开放算法算力资源,加速新型肺炎新药和疫苗研发

互联网01-30 16:50

2020年的春节笼罩在新型冠状病毒肺炎疫情的阴霾下,牵动着每个人的心。截至1月30日上午10点,国家卫健委收到31个省(区、市)累计报告确诊病例7736例,疑似病例12167例,累计死亡病例170例,累计治愈出院126例。

面对这一疫情形势,互联网企业纷纷伸出援手。百度、阿里、字节跳动、美团、滴滴、搜狐等多家企业通过捐款、捐物、推出免费退改签及相关信息服务等多种方式,支援一线防疫人员抗击疫情。不仅如此,百度和阿里云纷纷免费开放各自的算法算力资源,以加速本次新型肺炎新药和疫苗研发。

百度研究院免费开放线性时间算法,及RNA结构预测网站

1月30日,百度研究院宣布:

将向各基因检测机构、防疫中心及全世界科学研究中心免费开放线性时间算法LinearFold以及世界上现有最快的RNA结构预测网站,以提升新型冠状病毒RNA空间结构预测速度,从而助力疫情防控。

据百度研究院科学家透露,LinearFold算法可将此次新型冠状病毒的全基因组二级结构预测从55分钟缩短至27秒,提速120倍,节省了两个数量级的等待时间。

相较于经典算法,现在只需不到半分钟就可以拿到病毒的结构资料,提升基因检测、疫苗研发等科研中心的工作效率,让病毒的研究及疫苗开发速度快速提升。

此次引起武汉肺炎的新型冠状病毒(2019-nCoV)与“非典”病毒、艾滋病毒、埃博拉病毒、流感病毒一样,都属于RNA病毒,其单链结构导致病毒更容易变异、不易开发疫苗。与2003年的“非典”病毒相比,新型冠状病毒同时具有潜伏期长的特点,并且其潜伏期仍具有较高传染性,防控工作成为与“时间”赛跑的竞速赛。

RNA 序列有丰富的空间结构,而这些结构能决定 RNA 的功能,进而帮助设计分子药物和分子检测仪。传统上,RNA二级结构预测需要三次方时间复杂度的算法,也就是说,如果序列长度翻一倍的话,就要付出 8 倍的计算时间,这对于 RNA 病毒基因组这样的超长序列(例如艾滋病毒有约1万个碱基,埃博拉病毒有约2万个碱基)需要很长的等待时间。而冠状病毒(包括非典病毒和这次的新冠病毒)的基因组又是所有 RNA 病毒里最长的,长达 3 万个碱基,最快的经典算法也需要 55 分钟。希望LinearFold算法能够对科学家深入了解武汉肺炎基因组的性质以及设计针对性药物提供了有用信息。

与此同时,百度开放LinearFold网站给全世界科学家免费使用,据称,该网站在RNA结构预测速度和序列长度方面,都具有优势,在预测速度上无出其右,而且能处理的最长序列长度达10万碱基,能满足对RNA病毒全基因组结构预测的要求。

如有需RNA结构预测算法和技术支持的科研单位、防疫部门等,可联系:

百度研究院项目专用邮箱:

RNA@baidu.com

阿里云向全球公共科研机构,免费开放一切AI算力

1月29日,阿里云正式宣布:

疫情期间,为了帮助加速新药和疫苗研发,向全球公共科研机构,免费开放一切AI算力!

目前,中国疾控中心已成功分离病毒,疫苗研发和药物筛选仍在争分夺秒地进行。新药和疫苗研发期间,需要进行大量的数据分析、大规模文献筛选和科学超算工作。阿里云可以提供强大的AI算力,支持病毒基因测序、新药研发、蛋白筛选等工作,帮助科研机构缩短研发周期。

此前,阿里云就曾与基因公司联合打破世界纪录:仅用15分钟,即可完成高精度的个人全基因组测序。而在过去,科学界普遍需要120个小时才能完成类似流程。

全球健康药物研发中心GHDDI

全球健康药物研发中心GHDDI正与阿里云合作开发人工智能药物研发和大数据平台,针对SARS/MERS等冠状病毒的历史药物研发进行数据挖掘与集成,开放相关临床前和临床数据资源,计算靶点和药物分子性质,并跟进新型冠状病毒最新科研动态,实时向科学界和公众公布,为新型冠状病毒科学研究提供重要数据支撑。

GHDDI针对此次新型冠状病毒蛋白质序列实现部分靶点的同源建模工作

同时,阿里云将与合作机构向全球科学共同体免费开放相关药物研发资源,共同加速针对新型冠状病毒的药物研发。马云公益基金会也捐赠一亿元人民币,用于支持加快推进新型冠状病毒的疫苗研发。

阿里云称,疫情期间,任何针对本次新型冠状病毒分析、疫苗新药研发的公共科研机构、学校、医院,都可以通过邮件联系阿里云疫情公益小组。阿里云团队将在第一时间与相关机构取得联系。

联系邮箱:

wanqing.hwq@alibaba-inc.com

免费支持的研究范围包括但不仅限于:

1 用分子动力学HPC应用算病毒、蛋白质、药物结构,靶点作用模拟和设计药物筛选的实验,以及使用QD量子动力学等做药物研究——免费提供阿里云高性能计算、SCC超级计算集群和CPU集群;

2 对病毒植株和染病者的染病DNA提取,进行基因组计算、基因组学计算——免费提供阿里云超算支持;

3 科研机构对全球大规模文献分析和筛选——免费提供阿里云通用平台支持;

4 在MD,MM,QD基础上做虚拟筛选——免费提供阿里云AI平台和云超算支持。

共抗疫情,我们能赢!

 

电科技专注于TMT领域报道,青云计划、百+计划获得者。荣获2013搜狐最佳行业自媒体人称号、2015中国新媒体创业大赛总决赛季军、2018百度动态年度实力红人等诸多大奖。

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